Sejarah terbentuknya dan pemberian nama Desa Kalaotoa tidak banyak diketahui karena keterbatasan informasi masyarakat. Tokoh masyarakat yang mengetahui asal-usul desa telah meninggal dunia.
Dari hasil wawancara, diketahui bahwa asal-usul nama desa berhubungan dengan sebuah mustika tua bernama Kalahu Toa yang berada di wilayah One Melangka. Mustika ini sering memancarkan cahaya terang. Pulau tempat mustika itu berada dinamakan Pulau Kalahu Toa, yang kemudian berubah penyebutannya menjadi Pulau Kalaotoa.
Nama Desa Kalaotoa diambil dari nama pulau tersebut. Desa ini resmi dibentuk tahun 1972 berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Selayar No. 9 Tahun 2001.